本系所畢業生可至各學術、研究、疫苗公司等專業機構持續研發工作。舉凡政府機構（如農委會、家畜衛生試驗所、家畜疾病防治所、鄉鎮公所，各縣市之公家農場、畜殖場、繁殖場和畜產試驗所、農委會特有生物保育中心等）均可提供對動物科學與畜產研發學有專精之人才就業工作。在民間機構（如飼料廠、藥廠、畜牧場、屠宰場之飼料管理人員等）或自行經營動物醫院和牧場等，與畜產有關部門。此外部分畢業生亦可從事於研究工作或進修，如台灣養豬科學研究所、各大學教師或其他研究機構之研究員。