民國43年 (1954) 8月設立畜牧獸醫科，招收三年制專科生。

民國54年 (1965) 8月獨立設畜牧科。

民國80年 (1991) 8月改制為技術學院，更名為畜牧生產技術系，設二年制。

民國85年 (1996) 8月招收二年制進修學士班。(三屆) 

民國86年 (1997) 8月改制為科技大學並更名為畜產系，成立四年制，停招二年制。

民國88年 (1999) 成立研究所，招收碩士班研究生。

民國89年 (2000) 增招碩士在職專班一班。 

民國97年 (2008) 8月更名為動物科學與畜產系 (簡稱：動畜系)。

民國98年 (2009) 增設產學攜手合作計畫專班一班。

民國102年 (2013) 增設產學攜手合作計畫專班一班。

民國106年 (2017) 增設產學攜手合作計畫專班一班。

民國106年 (2017) 停招碩士在職專班。